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重庆药品交易所成立于2010年3月31日，主要从事药品、医疗器械及其他相关医用产品的电子交易服务。设立了机构会员部、药品交易部、医疗器械交易部、交收部、结算中心、信息中心、数据中心、市场监管部、综合办公室、发展战略研究部、财务部、监察审计部、网络事业部等12个部门。

重庆药品交易所交易主体实行会员制，按照“质量优先、价格合理、量价结合、规范配送、限时结算”的基本思路，实行电子挂牌交易。卖方和买方会员在重庆药品交易所电子交易平台签订电子购销合同，共同选定配送企业完成配送交收，会员通过交易所与银行组建的结算中心在规定时间内结清货款。

重庆药品交易所笃行“以人为本、服务民生”的宗旨，坚持“信息公开、流程透明、自由选择、公平交易”的基本原则，旨在探索完善医药流通体制， 减少医药流通环节；降低药品交易成本，抑制药价虚高；完善监管手段，规范药品流通秩序；形成合理价格，推动建立科学合理的药品价格形成机制；优化资源配置，促进医药产业健康发展。

重庆药品交易所秉持“会员至上、倾情服务”的理念，以现代信息技术为支撑，建立信息、交易、交收、结算四大服务系统，形成药品交易、医疗器械交易、货款结算、融资服务、资金周转、信息咨询、发展研讨、形象展示等为一体的综合服务体系，为会员提供快捷、高效、优质服务。